国内的生物质锅炉大多都是从燃煤锅炉的基础上演变而来的，只是生物质锅炉比普通的燃煤锅炉多了配风、进料、点火、控制系统等部分。这样的设备普遍存在着一些显而易见的问题和潜在的风险，只有克服问题和消除风险，生物质锅炉才能有很好的发展。

为了获得更为紧凑的结构，通常生物质锅炉中的燃烧室空间是非常小的，这就会促使燃烧过程中生物质挥发成本在鼓风和引风的作用下，迅速离开高温区。而没能得到充分燃烧的可燃性气体会与水冷壁换热而降低温度，不能继续燃烧。

这样一来，直接导致了生物质锅炉水冷壁低温结焦和大气排放污染；要知道这种低温结焦附着物不易清理，将削减烟气排放能力，从而降低生物质锅炉的功率。不仅如此，它还会严重影响换热，导致能耗高；且轻质的燃料粉末和未能燃烬的碳粒在气流作用下迅速排出炉体，造成固体能量损失。

传统生物质锅炉多是采取火管或水管换热器，这类换热器的特点是体积大、容水量大，但换热面积小；而且由于加装省煤器的缘故，排烟温度也很高，使得热效率明显降低。

生物质锅炉中多数配备的是氮化硅点火器，点火时由一点扩燃至整个面，对于大锅炉来说，点火都需要很长时间；而且在其稳定燃烧前，还需要耗费较长的排烟时间，烟气浓度也会较大。

除此之外，生物质锅炉还存在机械进料故障风险、出灰和结焦问题、功率不足问题等等，这都是限制传统生物质锅炉大范围推广的因素，要想突破就得从上述问题入手。